首页  机构概况  研究队伍  研究成果  研究生教育  平台建设  旭日干院士  规章制度  下载专区 
站内搜索:
 
  研究队伍  
 
 院士风采 
 长江学者 
 科研人员 
 行政人员 
 流动人员 
 
  科研人员
当前位置: 首页 > 研究队伍 > 科研人员 > 正文
 
左永春 副教授 简介
2016年06月03日 10:31      浏览:

  左永春,生物信息学博士,省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室,副教授,硕士研究生导师。
     目前主要采用大数据生物信息学方法,从事哺乳动物早期胚胎发育和细胞重编程过程关键调控网络的生物信息学和哺乳动物体细胞重编程机制方面的大数据学研究,截至目前,已经在在相关学科的杂志Bioinformatics、Brief Bioinform、BMC Genomics、Genomics、Oncotarget、Molecular BioSystems等SCI期刊上发表学术论文40多篇,总被引次数300多次,ESI高被引论文1篇。主持国家自然科学基金3项,内蒙古大学"211工程"创新人才培养项目2项、内蒙古自然科学基金2项,教育部博士点基金1项,以核心成员才加“973”、国家科技重大专项多项,2010年9月成功举办内蒙古自治区生物信息学研究生论坛学术会议,2010年11月获国家宝钢教育基金特等奖,2014年2月获内蒙古自治区优秀博士学位论文,2017年5月获内蒙古自治区杰出青年培育基金

      联系方式0471-5227683,   Emailyongchunzuo@163.com
      研究领域计算生物学,计算基因组学,发育与重编程多组学分析。 
      研究内容
      巨大的科学数据的积累将导致重大的科学发现,随着生命科学研究已进入大数据多维度组学时代,海量大数据的产生为我们深入了解哺乳动物胚胎发育和体细胞重编程过程提供了前所未有的机遇。哺乳动物早期胚胎发育和组织器官分化过程遵循严格的时空调控且具有严格的逻辑性特点,从一个受精卵细胞发育成一个具有200种不同类型的多细胞个体,相关RNA、Epigenetic、Protein在时间和空间上遵循严格时空时序性,稳定的表达调控及表观遗传修饰对于发育胚胎细胞增殖分化起着关键作用。来自公共数据库的基因组、表达组、表观组等数据比任何一个实验室能产生的数据都多,而且具有更多的知识含量。然而,对这些海量数据的处理和分析才刚刚开始,远远跟不上实验数据的增加,许多涉及胚胎早期发育和细胞重编程程序性调控机制亟待通过大数据和生物信息学手段进行系统深入的挖掘。
       我们小组主要通过系统分析哺乳动物早期胚胎发育和细胞重编程基因组印记、基因表达和表观修饰时序性动态变化协同调控作用,构建较为清晰具有物种特异性和调控时序性的全基因模块化开启的分子通路模式。目前主要从事哺乳动物早期胚胎发育过程中不同发育阶段关键转录调控网络的计算表观遗传学研究,转基因、克隆、IPSs诱导等技术涉及的相关体细胞重编程机制方面的生物信息学研究,主要内容包括:
(1)  基于组学数据的哺乳动物胚胎早期发育及细胞重编程分化关键调控模块识别及协同调控网络构建;
(2)  基于计算基因组学方法的组织特异性表达相关基因识别,优化,建模及其调控功能元件基因组水平改造;
(3)  基于大数据建模的细胞体细胞重编程问题及发育阻滞相关的计算生物学研究。

    研究成果 
(1) 计算生物学方面:该方向是我们的传统研究内容,在该方向上,目前发展了基于DNA  空间几何描述基因转录调控区域的染色质空间结构方法,首次将离散增量算法与K紧邻算法有机结合,先后提出了K 近邻平均离散增量算法K-MID(Amino Acids 2010, 38:859–867)和K 近邻最小离散增量算法KNN-ID(Amino Acids. 2013, 44(2):573-80; Mol Biosyst. 2015 11(3):950-7),并发展了基于Protein Block  方法的氨基酸约化用于蛋白质功能分类(Peptides. 2009, 30(10)1788–1793),成功搭建了大数据蛋白质序列氨基酸约化数据分析平台(Bioinformatics. 2017, 33(1):122-124)。 
 (2)  计算基因组学方面:该方向侧重于成果转化内容,在该方向上,开发了一套基于生物信息学方法的外源基因密码子优化和组织特异性表达调控元件改造方法,优化的人源化亚麻脂肪酸脱氢酶基因FAD3已经成功用于动物基因修饰育种,已获批国家发明专利1项(专利号:ZL201310344833.5)。通过筛选出具有组织特异的启动子和增强子序列转录因子结合位点调控Motif,该算法已成功构建了MRF4人工设计肌肉特异性表达启动子调控元件,已在转基因动物模型上进行广泛试验,效果明显,该部分成果已获批国家发明专利1项(专利号:ZL201410123506.1),关于整合组学结合序列特征分析进行基因和调控序列的优化方法,目前已申请国家发明专利1项。  
 (3)  大数据发育与重编程方面:该方向使我们目前科研的主要方向,在该方向上,通过组学手段系统分析了克隆克隆胚胎的重编程相关基因转录调控机制,筛选并探究一系列引起克隆动物发育受阻的分子调控通路(Oncotarget, 2016 7(45):  74120-74131;Oncotarget, 2017),首次揭示了异种克隆动物胚胎发育受阻的关键转录因子调控网络(BMC Genomics. 2016 17:188),关于不同诱导来源的多能性干细胞全基因组DNA甲基化和基因表达细胞特异性分析研究目前已完成,后续深入工作正在深入进行。  

   主持(主要参加)的相关项目 
 国家自然科学基金,  2018-2020, 国家基金委  主持
 内蒙古自治区杰出青年培育基金,  2017-2019, 内蒙古自治区科技厅  主持
 国家自然科学基金,  2016-2019, 国家基金委  主持
 国家自然科学基金,  2015-2015, 国家基金委  主持
 高等学校博士点项科研基金,   2014-2016, 教育部  主持 
 内蒙古自治区自然科学基金,   2013-2015, 内蒙古自治区科技厅  主持
 高产优质转基因肉牛新品种培育, 2011-2015, 国家科技重大专项课题  主要参加
 克隆与转基因克隆动物机理研究, 2012-2015, 国家“973”计划课题  主要参加

   获奖情况
 2015年11月获 第六届  “旭日干院士”奖;
 2014年10月获 第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会优秀墙报二等奖;
 2014年2月获  内蒙古自治区优秀博士学位论文奖;
 2011年10月获 内蒙古大学第七届"挑战杯"作品竞赛一等奖; 
 2010年12月获  国家宝钢教育基金特等奖
 2010年10月获 第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会学术优秀奖 
 2009年6月获  内蒙古大学创新基金优秀学术论文奖;
 2008年10月获  第三届全国生物信息学与系统生物学学术大会优秀奖;

  发表论文情况(# 共同第一作者, *共同通讯作者):
2017:
(49).  Wang SY, Huo HY, Su DQ,  Lu QZ, Chen XW, Yang L, Zuo YC*, Lv YL, Characterize the difference between TMPRSS2-ERG and non-TMPRSS2-ERG fusion patients by clinical and biological characteristics in prostate cancer, 2017, Oncotaeget, Revision submmited  (2016 IF: 5.168).
(
48). 
Zuo YC*, Su GH, Cheng L, Liu K, Feng Y, Wei ZY, Bai CL, Cao GF, Li GP*, Coexpression analysis identifies nuclear reprogramming barriers of somatic cell nuclear transfer embryos, Oncotarget, 2017, 8(39)  65847-65859  (2016 IF: 5.168).
(47). 
Huo HY, Li T, Wang SY,  Lv YL, Zuo YC*, Yang L*, Prediction of presynaptic and postsynaptic neurotoxins by using Pseudo amino acid composition and motif features, Scientific Reports,  7: 5827  (2016 IF: 4.259).
(46).  Yang L, Wang SY, Zhou M, Chen XW, Jiang W*, Zuo YC*, lv YL*, Molecular classification of prostate adenocarcinoma by the integrated somatic mutation profiles and molecular network. Scientific Reports, 2017, 7(1):738. (2016 IF: 4.259).
(45).  Guo SC# , Zuo YC#, Zhang YF, Wu CY, Su WX, Jin W, Yu HF,  An YL,  Li QZ*. Large-scale transcriptome comparison of sunflower genes responsive to Verticillium dahliae. BMC Genomics.  2017. 18(1):42  (2015 IF: 3.867).

(44).  Zuo YC*, Li Y, Chen YL, Li GP, Yan ZH, Yang L. PseKRAAC: A flexible web server for generating pseudo K-tuple reduced amino acids composition. ,Bioinformatics.  2017, 33(1):122-124 (2016 IF:7.307)
(43).  Che D, Wang Y, Bai W, Li L, Liu G, Zhang L, Zuo YC, Tao S, Hua J, Liao M*. Dynamic and modular gene regulatory networks drive the development of gametogenesis. Brief Bioinform. 2016 Jul 3. pii: bbw056. (2015 IF: 8.399)
2016:
(42).  Zuo YC*, Su GH, Wang SS, Yang L, Liao MZ, Wei ZY, Bai CL, Li GP*. Exploring timing activation of functional pathway based on differential co-expression analysis in preimplantation embryogenesis, Oncotarget, 2016 7(45): 74120-74131. (2014 IF: 6.359).
(41). Yang L, Wang SY,  Zhou M,  Chen XW, Zuo YC*, Lv YL*. Characterize the relationship between essential and TATA-containing genes for S. cerevisiae by network topologies in the perturbation sensitivity network. Genomics, 2016 108(3-4) 177-183. (2015 IF: 2.386).
(40). Yang L, Wang SY, Zhou M, Chen XW, Zuo YC, Lv YL*. Characterization of BioPlex network by topological properties. J Theor Biol.  409:148-154. (2015 IF: 2.049).

(39).
Su WX, Li QZ*, Zhang LQ, Fan GL, Wu CY, Yan ZH, Zuo YC. Gene expression classification using epigenetic features and DNA sequence composition in the human embryonic stem cell line H1. Gene. 2016, 592(1):227–234 (2015 IF: 2.319)
(38). Zhang L, Xuan H, Zuo YC, Xu G, Wang P, Song Y, Zhang SH*. Topological characteristics of target genes regulated by abiotic-stress-responsible miRNAs in a rice interactome network. Funct Integr Genomics. 2016 16(3):243-51. (2015 IF: 2.265 )
(37). Jia X, Sun C, Zuo YC, Li G, Li G, Ren L, Chen G. Integrating transcriptomics and metabolomics to characterise the response of Astragalus membranaceus Bge. var. mongolicus (Bge.) to progressive drought stress. BMC Genomics. 2016 17:188. (2014 IF: 3.986)
(36). Yang L, Wang S, Zhou M, Chen X, Zuo YC, Sun D, Lv Y.Comparative analysis  of housekeepingand tissue-selective genes in Human based on network topologies  andbiological properties. Molecular Genetics and Genomics,  2016 291(3):1227-41 (2014 IF: 2.728)
(35). Su WX, Li QZ*, Zuo YC, Zhang LQ. Association analysis between the  distributions of histone modifications and gene expression in the human  embryonic stem cell. Gene, 2016  575(1):90-100. (2014 IF: 2.019).
(34). Zuo YC, Lv Y, Wei Z, Yang L, Li G, Fan G. iDPF-PseRAAAC : A  web-server for identifying the defensin peptide family and subfamily using  pseudo reduced amino acid alphabet composition. PLOS ONE, 2015 Dec 29;10(12):e0145541. (2014 IF: 3.234).

2015:
 (33). Tai, DP, Liu, PX, Gao, J,  Jin, MZ, Xu, T, Zuo, YC, Liang, H, Liu, DJ*. Generation of  Arbas Cashmere Goat Induced Pluripotent Stem Cells Through Fibroblast  Reprogramming. Cellular Reprogramming, 2015 17(4): 297-305. (2014 IF: 1.788).  
 (32). Yang L, Hao D, Wang J, Xing X, Lv Y, Zuo YC*, Jiang W*. Characterization of  proteins in S. cerevisiae with subcellular localizations Molecular  BioSystems, 2015, 11(5),  1360-9. (2014 IF: 3.210).
 (31). Zuo YC*, Su WX, Zhang SH, Wang SS, Wu CY, Yang L, Li GP.  Discrimination of membrane transporter protein types using K-nearest neighbor  method derived from similarity distance of total diversity measure.  Molecular BioSystems,2015 11(3):950-7. (2014 IF: 3.210).  
 (30). Yang L, Hao D, Lv Y, Zuo YC*, Jiang W*. Genome-wide characterization of essential,  toxicity-modulating and nophenotype genes in S. cerevisiae,  GENE, 2015 559(1):1-8. (2014 IF: 2.019).  
 (29). Zuo YC, Gao Y, Su G, Bai C, Wei Z, Liu K, Li Q, Bou S1, Li GP.*  Irregular transcriptome reprogramming probably causes thec developmental failure  of embryos produced by interspecies somatic cell nuclear transfer between the  Przewalski's gazelle and the bovine. BMC Genomics, 2014,  15:1113. (2013 IF: 4.041).
2014:
 (28). Yang L, Wang J, Lv Y, Hao D, Zuo YC, Li X, Jiang W. Characterization of  TATA-containing genes and TATA-less genes in S. cerevisiae by network topologies  and biological properties. Genomics. 2014 104(6B):562-71. (2013 IF: 2.793).  
 (27). Yang L, Wang J, Wang H, Lv Y, Zuo YC, Li X, Jiang W. Analysis and identification  of essential genes in humans using topological properties and biological  information Gene. 2014, 349:82-91. (2013 IF: 2.082).  
 (26). Fan GL, Liu YL, Zuo YC*, Mei HX, Rang Y, Hou BY, Zhao Y. acACS: Improving  the Prediction Accuracy of Protein Subcellular Locations and Protein  Classification by Incorporating the Average Chemical Shifts Composition.  The Scientific World Journal. 2014:864135, 1-9. (2013 IF: 1.73).  
 (25).  Zuo YC*, Peng Y, Liu L, Chen W, Yang L, Fan GL. Predicting peroxidase subcellular location by  hybridizing different descriptors of Chou' pseudo amino acid patterns.  Anal Biochem. 2014 458:14-9. (2013 IF: 2.305).
 (24).  Yang L, Lv Y, Li T, Zuo YC*, Jiang W.*. Human proteins  characterization with subcellular localizations. J Theor Biol.  2014 358C:61-73. (2013 IF: 2.303).
 (23). Yang L, Wang J, Wang H, Lv Y, Zuo YC*, Jiang W. Characterization of  essential genes by topological properties in the perturbation sensitivity  network. Biochem Biophys Res Commun. 2014 448(4):473-9. (2008 IF: 2.281).  
 (22).  Zuo YC*, Zhang P, Liu L, Li T, Peng Y, Li G, Li QZ. Sequence-specific  flexibility organization of splicing flanking sequence and prediction of splice  sites in the human genome. Chromosome Research ,2014  22(3):321-34. (2013 IF: 2.688). 
 (21).  Huang X, Han X, Uyunbilig B, Zhang M, Duo S, Zuo YC, Zhao Y, Yun T, Tai D, Wang C, Li J, Li XL*, Li RF*. Establishment of Bovine Trophoblast Stem-Like Cells from In Vitro-Produced  Blastocyst-Stage Embryos Using Two Inhibitors. Stem Cells Dev.  2014 23(13):1501-14. (2013 IF: 4.202). 
 (20). Feng P, Lin H, Chen W, Zuo YC, Predicting the types of J-proteins using  clustered amino acids. BioMed Research International,2014,  935719. (2014 IF: 1.579). 
 (19). Yang L, Wang J, Wang H, Lv Y, Zuo YC*, Jiang W. Analysis and identification of  toxin targets by topological properties in protein–protein interaction network,  349(2014)82–91 Journal of Theoretical Biologys, 349(2014)82–91. (2013 IF: 2.303).  
2013:
 (18). Liu L, Li QZ, Lin H, Zuo YC. The effect of regions flanking  target site on siRNA potency. Genomics 2013 102(4) 215-222. (2012 IF: 3.010).  
 (17). Fan GL, Li QZ, Zuo YC. Predicting acidic and alkaline enzymes by incorporating the  average chemical shift and gene ontology informations into the general form of  Chou's PseAAC. Process Biochemistry 48 (2013) 1048–1053. (2012 IF: 2.414).  
 (16). Li T, Li QZ, Liu S, Fan GL, Zuo YC, Peng Y. PreDNA: accurate prediction of  DNA-binding sites in proteins by integrating sequence and geometric structure  information, Bioinformatics, 2013,  29(6):678-85. (2012 IF: 5.323).
 (15). Uyunbilig B, Gu T, He  ZY, Wu X, Li GP,Li QZ, Ding XY, Zuo  YC*, Wang X*, Analysis of Transcription  Factors Regulated Stem Cell Differentiation by ChIP-Seq. Chinese Journal  of Cell Biology 2013, 35(6): 870–879  
 (14). Zuo YC*, Chen W, Fan GL, Li QZ. A  similarity distance of diversity measure for discriminating mesophilic and  thermophilic proteins. Amino Acids. 2013,44(2):573-80. (2012 IF: 3.914).
2012:
 (13). Zuo YC*, Li QZ. The DNA geometric flexibility of promoter in  model organism genomes, Procedia 11  (2011)2732–2737. (EI, ISTP).
 (12). Chen W, Lin H, Feng PM, Ding  C, Zuo YC, Chou KC. iNuc-PhysChem: A Sequence-Based Predictor  for Identifying Nucleosomes via Physicochemical Properties. PLoS  One. 2012;7(10):e47843. (2011 IF: 4.092) ESI 高被引文论文.
2011:
 (11). Zuo YC, Li QZ*. Identification of TATA and TATA-less promoters  in plant genomes by integrating diversity measure, GC-Skew and DNA geometric  flexibility. 2011 Genomics. 97(3):  112-120. (2010 IF: 3.327).
 (10).  Zuo YC, Li QZ*. The DNA Geometric Flexibility Property around the Transcription  Initiation in Model Organism Genomes. 2011 International Conference on  Bioscience, Biochemistry and